Nel 1860 il Regno delle Due Sicilie, venne conquistato dai Garibaldini e dalle truppe del Regno di Sardegna.

Un plebiscito sancì l'unione al Regno d'Italia.
In molti territori del vecchio Regno l'opposizione al nuovo regime durò per un ventennio, con deportazioni, massacri di civili e devastazioni.
Parte della guerriglia contro le forze piemontesi si organizzò con il brigantaggio.

Perso il rango di capitale, la città rimase comunque il centro politico, economico e sociale più importante dell'Italia meridionale.

Col passare degli anni, Napoli riprese, anche se in modo effimero, il suo ruolo di principale porto del Mediterraneo: divenne il porto dal quale partivano le spedizioni per le colonie d'oltremare (Libia, Eritrea, Somalia, il Dodecanneso e successivamente Etiopia) e soprattutto, diventò il porto dal quale milioni di italiani emigrarono in Argentina e negli Stati Uniti.

Colpita duramente anch'essa, come le altre città italiane, durante la crisi economica del primo dopoguerra, Napoli si riprese, in parte, durante il ventennio fascista, anche se, comunque, perse il ruolo di porto militare, dato che la flotta venne trasferita a Taranto.

L'economia cittadina crollò all'ingresso dell'Italia nella guerra.
Semidistrutta dai bombardamenti inglesi tra il 1940 ed il 1941 (che avevano in Malta una formidabile base strategica), da quelli americani tra il 1942 ed il 1943 (alla vigilia dello sbarco di Lampedusa) ed, infine, da quelli tedeschi tra il 1943 ed il 1945.

Dopo l'armistizio dell'8 settembre da parte del Re che firmò la resa agli anglo-americani, i tedeschi occuparono la città il 12 settembre 1943; ben presto incominciarono le rivolte degli abitanti contro l'occupazione e il colonnello Scholl il 12 settembre 1943 fece affiggere un famoso manifesto con cui proclamava lo stato d'assedio in citta, con l'ordine di "passare per le armi" ogni cittadino si fosse reso responsabile di azioni ostili con rappresaglie di cento civili per ogni tedesco ucciso.

Dopo diversi scontri e rappresaglie contro la popolazione, il 24 settembre il Comando tedesco ordinò lo sgombero di tutte le abitazioni entro 300 metri dalla linea di costa e il giorno dopo venne proclamato il "servizio obbligatorio al lavoro nazionale" generalizzato (in pratica la deportazione della popolazione attiva). Questo rappresentò in pratica la scintilla che fece esplodere definitivamente la rivolta generalizzata.

Napoli fu la prima città italiana ad insorgere contro l'occupazione militare nazista: in quattro famose giornate (dal 28 settembre al 1° ottobre 1943), la folla insorse contro i tedeschi permettendo così, pochi giorni dopo agli anglo-americani di poter giungere in città e occuparla già libera, senza perdite, e proseguire verso Roma.

Per queste azioni e per le sofferenze patite dalla popolazione Napoli sarà tra le città decorate al Valor Militare per la Guerra di Liberazione insignita della Medaglia d'Oro al Valor Militare.