Giuseppe Bonaparte regnò a Napoli per appena tre anni (1805-1808), nel corso dei quali avviò in città alcuni rilevanti lavori pubblici (tra cui la strada che attraversa Posillipo) e realizzò una riforma amministrativa, ampliando i confini di Napoli -suddivisa in dodici quartieri-, istituendo la figura del sindaco, supportato da un organo elettivo, e introducendo il catasto urbano.

In questo periodo furono anche istituiti l'Orto Botanico, a via Foria, e il Conservatorio di Musica, che trovò sede nel convento di S.Pietro a Majella, e che tanto avrebbe contribuito in seguito alla fioritura della musica napoletana.

Nel 1808, Napoleone affidò il regno a Gioacchino Murat, suo genero e fedele generale del suo esercito; il carattere del nuovo sovrano lo fece benvolere dal popolo napoletano, e le sue abilità militari gli permisero di costituire un esercito che ottenne importanti successi, sia in casa (conquistando l'isola di Capri, già in mano agli inglesi, e sconfiggendo una flotta anglo-spagnola nel golfo di Napoli) che nella campagna di Russia del 1812.

Per la città, Murat compì altri lavori pubblici, come l'apertura del Corso Napoleone, che collegava via Toledo con Capodimonte e preludeva a uno sviluppo della città verso nord.

Il Congresso di Vienna e la Restaurazione imposero l'allontanamento di Murat da Napoli, nonostante i suoi numerosi tentativi di rimanere sul trono.

Confinato in Corsica, il generale volle attuare nell'ottobre 1815 un ultimo disperato piano per la riconquista del Regno, sbarcando con una piccola guarnigione in Calabria; catturato dall'esercito borbonico, fu condannato alla fucilazione.