Sotto gli Aragonesi l'ingrandimento urbano di Napoli divenne molto maggiore, con la costruzione di una nuova cinta muraria che aveva ventidue torri cilindriche.
Si ebbe inoltre un notevole impulso demografico tanto che la città toccò 110 mila abitanti sul finire del XV secolo, per le continue immigrazioni, non esclusa una numerosa colonia di ebrei profughi dalla Spagna e dalla Sicilia.

La dominazione aragonese iniziò il 2 giugno del 1442 (per finire 59 anni dopo nel 1501), dopo una guerra durata per quasi 4 anni e che vide, da una parte Renato D'Angiò e dall'altra Alfonso V d'Aragona. Dopo lutti, stenti e battaglie combattute porta a porta, Renato fu costretto ad imbarcarsi per fuggire e raggiungere la moglie Isabella di Lorena.

Alfonso V divenne Re di Napoli come Alfonso I ed ereditò un regno ormai ridotto allo stremo e con le finanze a zero. Ma l'arduo impegno che lo attendeva non lo spaventò. In breve tempo la situazione cambiò radicalmente, imponenti opere vennero realizzate (restauro e o costruzione di fogne e strade), ristrutturazioni (a Castel Nuovo fu costruito l'Arco di trionfo, fu restaurata la grotta di Cocceio).

Alfonso I morì, non amato dai napoletani, il 27 giugno 1458.
Salì al trono suo figlio naturale: Ferrante (detto Il Bastardo).
Questi si trovò subito a combattere contro le cospirazioni dei baroni che avevano chiamato a Napoli Giovanni D'Angiò.
Il primo scontro, nel luglio del 1460 a Sarno, vide soccombere l'aragonese; l'anno dopo, Ferrante, si riscattò disperdendo i baroni ed i loro alleati allontanando, nel 1464, il D'Angiò dopo una furibonda battaglia nelle acque di Ischia.

Ritornata la pace nel Regno, Ferrante si dedicò all'urbanistica della città, ormai non più capiente per gli oltre centomila anime che vi vivevano, inglobando nelle mura cittadine zone come l'Egiziaca a Forcella e Sant'Agostino alla Zecca.

Durante il regno di Ferrante si verificò un evento luttuoso di grande portata che fece inorridire il mondo intero: gli 800 martiri d'Otranto che, per non aver accettato la religione ottomana, furono trucidati nel luglio del 1480.

L'onta fu lavata dal principe Alfonso che nel 1481 costrinse i turchi alla resa. I resti di parte di quei martiri sono tutt'ora conservati nella Chiesa di S. Caterina a Formiello, sotto l'altare della Cappella del SS. Rosario.
Ferrante si trovò, per la seconda volta ad arginare una congiura dei Baroni che, nell'arco di 7 anni, furono giustiziati o morirono in prigionia per "cause naturali". Ferrante d'Aragone morì il 25 febbraio del 1494 lasciando sul trono suo figlio Alfonso.

Il nuovo Re dovette subito affrontare, sei mesi dopo l'investitura, la casa D'Angiò che, con Carlo VIII, reclamava il suo diritto dinastico sul Regno di Napoli. Alfonso riparò in Sicilia ed abdicò in favore di suo figlio Ferrandino il 21 gennaio del 1495.

Quest'ultimo provò ad arginare la discesa degli angioini ma fu costretto, senza combattere, a riparare prima ad Ischia e poi a Messina.

Dopo una brevissima parentesi piratesca degli angioini, Ferrandino riconquistò il Regno il 7 luglio e sposò Giovanna d'Aragona ma morì a marzo dell'anno dopo, nel 1496.

Senza figli di Ferrandino nacque, nel Regno il problema della successione. I nobili insediarono sul trono il fratello di Giovanna, Federico che ebbe breve vita: fu Re fino al 6 settembre del 1501 anno in cui, grazie anche al tradimento del Re spagnolo Ferdinando d'Aragona, dovette lasciare Napoli alle orde sanguinarie di Cesare Borgia e rifugiarsi in Francia dove morì nell'ottobre del 1504.

Iniziava per Napoli l'età vicereale con Luigi d'Armagnac.